Палаццо в венецианско-романском стиле было сооружено в XIII в. как собственность семьи Пезаро. В XIV в. дворец был одним из самых великолепных зданий города, поэтому Сенат часто поселял сюда государственных гостей. В 1621 г. он арендовал его для турецких торговцев. Части здания, сохранившиеся от первоначальной постройки, относятся к древнейшим памятникам каменного жилья Венеции.

После упразднения Республики Фондако деи Турки все больше приходил в упадок. Его реставрация, между 1858 и 1869 гг., была довольно радикальной и, по мнению современных исследователей, весьма успешной. Сегодня в нем находится в том числе Музей истории природы с интересной экспозицией фауны и флоры лагуны.