Сегодня Сан Микеле уже не является монастырем. Как и многие монастыри, он был закрыт при Наполеоне. Именно французский император повелел венецианцам убрать кладбища внутри города и хоронить отныне своих мертвых на острове Сан Кристофоро делла Паче, прилегавшем к Сан Микеле.

Действительно, захоронение покойников в черте города вокруг церквей таило в себе множество опасностей. Из-за воды нельзя было делать глубокие могилы. Так, один венецианский путешественник сообщает о зловонии, которое источали некоторые из этих кладбищ. Кроме того, на свободных площадках возле церквей часто находились колодцы, которые при неправильной конструкции или во время паводков могли быть заражены от трупов. Когда Сан Кристофоро стал слишком малым для мертвецов, канал между двумя островами был засыпан и территория Сан Микеле также стала использоваться как место погребения.

Кладбище поделено на типично итальянские погребальные стены, места для захоронения в земле и парк с очень дорогими мавзолеями, которые стремятся продолжить венецианскую культуру погребения уже современными средствами. Поскольку Венеция располагает только этим кладбищем, здесь похоронены не только католики; среди них есть выдающиеся художники, нашедшие в городе на воде свою вторую родину.