Церковь с пугающе кривой колокольней находилась в распоряжении греков, проживавших в Венеции, о чем говорит название «деи Гречи». Большие территории, находившиеся под древним греческим господством, входили в сферу влияния Венеции. Неудивительно, что после завоевания Византии турками (1453) многие греки искали убежища в Венеции. В 1470 г. венецианское правительство официально запретило им вести православное богослужение. В период сближения папства с греческой церковью в начале XVI в. римский папа Лев X разрешил им в 1514 г. строительство собственной церкви.

Оно началось в 1539 г. по планам Санте Ломбардо. Когда в 1571 г. уже было завершено строительство купола, отношение римского престола к греко-православной церкви вновь изменилось драматическим образом. Впрочем, Сенат Венеции в церковных вопросах был весьма лоялен. Папские запреты не имели здесь никакого значения, и греков оставили в покое.