Свое название «Сан Франческо делла Винья» храм получил от старого виноградника, который когда-то располагался на этом месте. В 1253 г. влиятельная семья Дзани подарила этот земельный участок францисканцам, которые построили здесь свою вторую церковь (1508—1580) в Венеции. Она, впрочем, так и осталась в тени церкви Фрари. Положение не изменилось, когда в 1534 г. Якопо Сансовино начал строительство нового здания. Благодаря светлой цветовой гамме и ровным пропорциям этот храм является типичным произведением сдержанной архитектуры Высокого Ренессанса в Венеции.

Для возведения фасада (на рис.: фрагмент фасада Сан Франческо делла Винья) францисканцы и их кредиторы наняли около 1562 г. вместо старого, уже почти восьмидесятилетнего Сансовино новую восходящую звезду венецианской архитектуры Андреа Палладио. Он уже впечатляюще продемонстрировал свои способности, соорудив церковь Сан Джорджо Маджоре. По сравнению с этим шедевром фасад Сан Франческо делла Винья выглядит довольно плоским и невыразительным. Это объясняется тем фактом, что церковь находится посреди других зданий, что лишает возможности наблюдать ее издалека. Возможно, сознательно упрощая композиционные элементы, Андреа Палладио хотел вписать церковь в тесное пространство. Тем не менее эффектный прием совмещения двух храмовых портиков, большого и малого, повторяющий Сан Джорджо Маджоре, не впечатляет так сильно, как на фасаде Сан Джорждо, рассчитанном на дальнюю перспективу.