Кратья францисканцы пришли в Венецию в 1222 г., вскоре после основания их ордена св. Франциском. Венецианцы называли их просто «i frari» (венецианск.форма от «frati», «братья»), В 1250 г. они начали строительство церкви, предшествовавшей нынешней церкви Фрари. Подобно доминиканцам, францисканцы не стремились спрятаться в далекие монастыри, но видели свою задачу в том числе в поддержке нуждающихся. Это сделало оба ордена в какой-то степени взаимными конкурентами, что вынудило власти выделить им участки под храмы в наиболее отдаленных друг от друга кварталах. (Доминиканцам принадлежит церковь Santi Giovanni е Paolo).

Приток населения на проповеди францисканцев был настолько велик, что первоначальное строение церкви стало слишком маленьким. Строительство, начавшееся в 1340 г., расширило здание до сегодняшних размеров одной из самых крупных церквей города. Оно было завершено лишь век спустя — в 1445 г. Как и все средневековые церкви Венеции, церковь Фра-ри построена из кирпича. Детали из белого «камня Истрии» оживляют общий кирпичный фон. Внешний вид тем самым строг и прост. Однако перед внимательным взором открываются такие архитектурные тонкости, как широкие щипцы с богато украшенными профилями, бегущие по фасаду аркатуры, филигранные ажурные орнаменты и тонкие очертания оконных переплетов и рам.