Интерьер церкви также несет на себе следы многочисленных перестроек. Некоторые из мраморных колонн, как и в других очень древних храмах Венеции, являются трофеями с берегов восточного Средиземноморья. Церковная кафедра в форме тюльпана прислонена к гранитной колонне времен более раннего строительства церкви. Сама кафедра напоминает своими богатыми украшениями произведения школы Ломбардо начала XVI в.

В отличие от большинства других церквей Сан Джакомо дель'Орио сумела сохранить образ настоящей приходской церкви. Ни одна большая семья и ни один монастырь не украшали ее в своем вкусе. Характер убранства церкви определялся постепенно, в течение многих лет.