Церковь св. Себастьяна была обновлена в XVI в. монахами ордена иеронимитов, соорудивших на этом месте в XV в. свой монастырь. Необычный факт, до сих пор не исследованный, позволяет предположить, что братья обновили предшествующее здание уже в течение ближайших лет после его сооружения.

Первоначальная церковь была завершена лишь в 1468 г. Автором плана нового здания является, по всей видимости, Антонио Абондио, прозванный Ло Скарпаньино, один из тех архитекторов, которые в начале XVI в. создавали скорее типичную городскую архитектуру, чем строения необычного художественного качества.