В соответствии с требованиями Тридентского собора, имевшего для церкви реформаторское значение и закончившегося как раз в то время, когда Палладио был занят строительством церкви, архитектор переносит монашеский хор, место большого монашеского собрания, за главный алтарь. При этом хор, отделенный колоннами, остается связанным с главным пространством храма и видным со стороны алтаря с его статуями. Отделение монахов от прихожан, обеспеченное до Тридент-ского собора границами хора, не мешает общине бросать взгляд на главный алтарь и проходящую там мессу, что соответствовало решениям собора.

Интерьер церкви также отличается ясной организацией. Основной формой плана для Палладио становится латинский крест, принятый для базилик с поперечными и более низкими боковыми нефами. Перекрытие представляет собой простой цилиндрический свод, в который вставлены отверстия полукруглых термальных окон. Эта оконная форма равномерно распределяет свет по всему пространству.

После строительства нового рефектория для бенедиктинцев Андреа Палладио получил в 1565 г. заказ на строительство нового здания церкви. Сам Палладио руководил строительством лишь до 1568 г., однако оно было завершено в точности по его планам. Монахи не смогли бы найти для себя лучшего архитектора, чем Палладио. Архитектор из Виченцы долгое время занимался строительством вилл, будучи тем самым весьма искусным в строениях, рассчитанных на обзор издалека. Благодаря гениальному плану Палладио Сан Джорджо образует идеальную антитезу площади Сан Марко с ее зданиями на другой стороне Бачино.

Остров Сан Джорджо замыкает вместе с Джудеккой территорию города с юга в сторону лагуны. В древнейших источниках об истории Венеции он называется кипарисовым островом. В раннюю эпоху здесь находились огороды и виноградники, мельницы и сооружение для добычи соли, а также маленькая церковь. В 982 г. на острове обосновались монахи-бенедиктинцы во главе с Джованни Морозини. В течение столетий их монастырь превратился в один из самых влиятельных монастырей бенедиктинцев в Италии.