План трехнефной церкви Фрари имеет форму буквы «Т». К поперечному нефу в юго-западной части примыкают семь апсид в качестве капелл. Благодаря шести гладким круглым столбам из тесаного камня взору открываются пониженные боковые нефы и внутреннее пространство приобретает вид зала. Окрашенные деревянные балки дополнительно сдерживают широкие крестовидные стрельчатые своды в центральном нефе.

Свободное пространство церкви позволяет множеству верующих присутствовать во время церковной службы. Великолепное убранство церкви с многочисленными произведениями искусства и алтарями, переданными от других братств и богатых семей, говорит о популярности ордена францисканцев.

Выражение «амбар для проповедей», употреблявшееся для огромных, лишенных украшений храмов нищенствующих орденов, определенно не подходит для церкви Фрари. В среднем нефе сохранился монашеский хор, сегодня он уникальный в Венеции. Это пространство, ограниченное мраморными стенами, отделяло братьев во время церковной службы от остальных прихожан. До верующих доносились только песнопения и молитвы монахов.